В одной книжке хорошо были описаны рассуждения приписанного комиссара на эту тему:
Во первых из-за противогазов им плевать на окружающею среду поэтому они ходят, ставят палатки, развёртывают склады и прочие под выхлопными газами, сдувающим весь песок ветром. Где единственному человеку без защиты для лица просто неудобно находиться.
Во вторых он считал что сможет повысить свой навык красноречия в общение с местными если будет так же безлик.

Потому что светская власть, а не церковная. Вот если бы на каждой планете Империума управлял не губернатор, а епископ то да было бы всё правильно. Однако такая модель управления не взлетела и экклезиархия выполняет функции гос власти только на мирах святынях. А во всех остальных случаях планетами управляют губернаторы не имеющие религиозного сана и думающие в основном о бюджетах.

Чёрные корабли прилетают на планету обычно раз в сотню лет. (В перерывах между этим всех пойманных - складывают в специальных хранилища со стазисом или другими консервантами) А всё остальное время отловом псайкеров и колдунов должны заниматься местные под руководством Арбитров. Но так как светские власти по определению не достаточно верующие. Этим также занимаются прочие личности с активной позицией по этому вопросу.

Имхо много крови, вместо крови должен быть гной.

Эта булава вероятно должна была быть крозиусом, но у автора получилась обычная булава. А если подумать то ими обычно вооружаются всякие проповедники и фанатики Его. Так что если Комиссар приписан к религиозному полку - почему нет? Да вообще положение комиссарам позволяет вооружаться чем угодно(в пределах разумного), лишь бы убивало и он умел этим убивать.

Звёзды хаоса на борту машины? Серьёзно куда смотрит Инквизиция?

Это ваха, здесь постоянно кто-то нападает. А кто не важно потом Инквизиция будет разбираться, а пока взорвать всё во славу Его.

Возможно это механизмы для разгрузки орбитальных челноков, на космодроме. Хотя общая архитектура не похожа на площадку для космических челноков.

К такому Император нас не готовил!

Так у него вроде всё лицо было в шрамах?