К какому конкретному моменту, ало? Если бы он сказал "К концу сегодняшнего дня она будет заменена" - тогда да, было бы "It will have been replaced by the end of today". А так "сегодня" - продолжительное понятие, конкретного момента нет.
Вообще, такие сложные времена сейчас редко используются, можно даже в таком случае смело говорить "it will be replaced by the end of today", и никто тебе даже почки не отобьет.
Ну, вообще-то там есть заморочка с тем, на что действует ускорение, поэтому все же в полной картине можно отличить, что движется. Если бы и ускорение было относительным как равномерное движение, то парадокс близнецов был бы неразрешим.
Вообще, такие сложные времена сейчас редко используются, можно даже в таком случае смело говорить "it will be replaced by the end of today", и никто тебе даже почки не отобьет.