Но не все прямо и упорно нарушают прямой приказ Императора, и лезут туда, куда он явно не хочет никого пускать.

А чем ещё заниматься живым машинам войны, когда всё что не зелёное постукано и облутано?

Идея "Шара для принятия решений" слишком отдаёт ведьмовством. Скорее по английской пуританской традиции просто накидали бумажек со словам в шляпу и доставали по очереди.

Среди них есть Саламандр, так что "сжечь" даже не обсуждается.

Не сверхчеловеческие сверхчеловеки, да. Но и не "всего лишь" гвардейцы, подготовка и умения очень достойные. У Императора был вообще пунктик насчёт постлюдей из лабораторий - бросить в жесточайший замес и избавиться по итогам.

Не без того, конечно, но Сестринство Тишины и Кулексусы при нём были организованны.

ЧСВ Эреба куда больше. Собственно поэтому ему и не дают повышения до демоничества. Очень трудно поместить Дары Хаоса в душу которая целиком занята самолюбованием. Да и в статусе демон-принца пидор сразу же начнёт подсиживать начальство.

Запрещено изучать ген парии было хотя бы ради того, чтобы не устроить отключение человечества от варпа раньше времени. Император хоть и мог творить много чего с геномом человека, но не торопился, ибо это та ещё рулетка, а рукотворных постлюдей для военных целей у него и так хватало. В 40к время уже достаточно отчаянное, чтобы таки начать массово внедрять этот ген парии и урезать варповчанам паёк.
Некронтех с ноктилитовыми кругами хаоситы использовали, имперцы тоже могут. Даже если это будет стоить нескольких звёзд, оно того стоит.
Если за применением знаний варпа будут отвечать товарищи типа Серых или даже Кустодиев риск снижается. Их конечно немного, но для начала хватит.
Боги Хаоса не абсолюты даже на своей территории, как бы они не дули в уши своим рабам. Значит вопрос противостояния им решается приложением усилий и времени.

ГВ там находится.

Смысла сдаваться на волю этих паразитов не вижу даже если бы варп был хоть изначальным измерением, хоть и интернетом.
Парии могут эффективно уничтожать обитателей варпа? Да. Технологии некронов способны подавить обширные варп-аномалии и его эффекты? Да. Собственные ритуалы и концепции варпа в исполнении людей способны на него влиять? Да.
Изучить. Скомбинировать. Применить.
Отказать этим "богам" в божественности. Разобраться с ними без попыток вступления на контролируемую ими территорию. При невозможности окончательного подавления изолировать их или уйти на изоляцию самим. Препарировать геном человека и вырезать из него дефект псайкера. Поднять популяцию парий и найти способ привития их свойств остальному человечеству.
Выйти на свет и дать всем порождениям варпа отведать мзды небытия.