Ну, во первых - СШК они может и юзают, но :
- они ещё и пилят собственную технику (уже это, ЕМНИП, на взгляд особых ортодоксов - плохо)
- используют демонические машины (ага, насилуют законы физики в хвост и в гриву. Их применение, ЕМНИП, противоречило даже основам АМ-го культа)
- ещё и с ИИ и прочими заппрещёнными технологиями балуются

Я бы не сказал, что в вахе вообще есть плохие и хорошие стороны.
Теперь о том, как они выглядят для Империума :
- люди в большинстве - опосредованно подчинены демонам (и даже считающие, что могут использовать демонов как инструмент - нередко сами становятся их инструментом).
- источник "питания" демонов :
1. для кхорновых - кровь, кишки. Ты думаеь, они будут агитировать среди подчинённых за мир с империумом?
2. нургловых - болезни и отчаяние. Не думаю, что хорошее состояние империума в их интересах
3. слаанеш - тут всё сложно. Но типовые их "представители" - не блещут адекватностью.
4. тзинча - знания и хитрые планы. С одной стороны- интересная сторона, с другой же - кто знает, что входит в их планы.

Хаоситы - в большинстве своём люди, да.
Но в любом случае несущие угрозу Империуму (а не пользу, как другие сколь-либо поддерживаемые мутанты).

Так что тут суть не в мутациях, а в самом выступлении на этой стороне конфликта.

Ну, общее положение мутантов в Империуме зависит от их нужности (ага - если полезен, то, хоть и будут подозревать во всём, но - жить будешь. Нет - будь добр накрыться простыней и ползти в сторону кладбища)

Теперь по типовым "мутантам" :
- Что касается огринов - в силу психических причин, они не представляют реальной угрозы. Точнее - представляют угрозу только вкупе с перешедшим на сторону противника командиром (по своей воле - не переходят). И для некоторых военных задач они оказались дофига удобны.
- Псайкеры (включая астропатов) и навигаторы - без комментариев. Многие и рады бы избавиться, но без них никуда.
- Вот по ратлингам - не припоминаю, чем они отличались.

В этом же случае - факт мутации налицо, а пользы Империуму от этого? Вот именно, никакой.

Наверное :
- не произошли от людей, следовательно - ксеносы
- СШК не пользуются, что на взгляд ортодоксальных АМ - хуже первого :-)

Чего это не совсем люди? Генетические отклонения за допустимые рамки не выходят. Угу, фурри не проходят именно этот критерий.

Да кто их знает. То некронов поменяют (хотя тут, ИМХО - новые неплохи), то серые рыцари возрождаются по желанию своей левой пятки и жгут нурглосады. Может, теперь и борца за права фуррей написали? :-)

Но, ЕМНИП - их типовое применение не предусматривает сколь-либо значительных затрат. Так, метод разминирования, на случай, когда сапёров не дождёшься.
Или путаю, и их снабжают не хуже среднего по больнице?

И подойдут

Попытки выкрасить гретчинов в красный для ускорения работы ещё никогда не завершались успехом.
Думаешь, к остальным оркоидам это не относится?