Императору нужен был кто то такой же крутой как он и который должен был удерживать Империум в куче и заниматься всяким дерьмом (штуки в стиле рангданского ксеноцида, эльдары, Некроны и хуева туча другой напасти) пока Император делает свои дела. Как бы "человеческая паутина" и "переход человечества в новый формат" не за пару минут делается, а Император всего один и его время далеко не резиновое. Именно поэтому и были созданы примархи с легионами. Именно поэтому им была дана такая большая сила, власть, воля и феоды.

А так как весь Империум это калька на средневековье то открою тебе маленький секрет: феодалы всегда воевали друг с другом. Даже будучи вассалами одного правителя. Как и не редки были случаи когда феодалы сами претендовали на трон предварительно свергнув короля.

А теперь перейдем к вопросу как сочетается уничтожение примархов и легионов с переходом на новый уровень? Чем это должно было помочь? Если Импи так боялся силы примархов то почему он сделал их такими сильными? Или ты хочешь сказать что после объединения Империума вся галактика бы стала тихим и спокойным местом? Без восстаний, культистов, генокрадов? Кто тогда, если не астартес, должны были этим заниматься после объединения Империума если они уж так не нужны? Гвардия? Флот? СПО?