Может быть они выше любого закона, но подчиняться им никто не обязан.
Те же Кархародоны во время Бадабской войны подчинились только легат-инквизитору Фрэйну, только потому, что у него были полномочия, выданные Верховными лордами Терры.
Полагаю, у любого космодесантника иерархия приказов выглядит так: Император - Примарх - Лорды Терры - Магистр - Капитан - Сержант.